（1）2001年 

中心主任張憲文教授主編、中心科研人員撰寫：《中國(guó)抗日戰(zhàn)爭(zhēng)史(1931-1945)》，南京大學(xué)出版社，2001年9月出版；張憲文主編：《金陵大學(xué)史》，南京大學(xué)出版社，2001年出版；崔之清：《中國(guó)早期現(xiàn)代化的先驅(qū)》(上、下冊(cè))，北京：中華工商聯(lián)合出版社，2001年出版；崔之清：《臺(tái)灣是中國(guó)領(lǐng)土不可分割的一部分》，北京：人民出版社，2001年出版；崔之清主編：《焚膏補(bǔ)拙——茅家琦傳》，南京大學(xué)出版社，2001年出版；陳紅民：《臺(tái)灣風(fēng)雨》(蔣家王朝第二部) ，北京：中國(guó)青年出版社，2001年出版；朱慶葆：《傳統(tǒng)城市的近代命運(yùn)——清末明初安慶城市近代化研究》，合肥：安徽教育出版社，2001年出版；張生：《南京國(guó)民政府的稅收》，南京出版社，2001年出版。 

（2）2002年 

中心研究生劉豐祥等翻譯、陳紅民副主任校閱定稿：《辛亥革命目擊記》，北京：中國(guó)青年出版社，2002年2月出版；馬俊亞譯：《歷史學(xué)家：神話的終結(jié)者》(美國(guó)霍布斯鮑姆著)，上海人民出版社出版，2002年1月出版；崔之清主編：《太平天國(guó)戰(zhàn)爭(zhēng)全史》，南京大學(xué)出版社，2002年5月出版；朱慶葆：《南京大學(xué)百年學(xué)術(shù)精品·歷史學(xué)卷》，南京大學(xué)出版社，2002年出版；李玉：《晚清公司制度建設(shè)研究》，北京：人民出版社，2002年出版。 

（3）2003年 

陳紅民：《躁動(dòng)的大地：1933年》，濟(jì)南：山東畫報(bào)出版社，2003年1月出版；“張門子弟”：《中華民國(guó)史新論》(上下冊(cè))，北京三聯(lián)書店，2003年出版[2003年10月25至27日，值此張憲文教授七十華誕暨從事史學(xué)研究五十周年之際，中心舉辦“中華民國(guó)史新論暨慶祝張憲文教授七十華誕學(xué)術(shù)論壇”，各地師從張憲文教授的民國(guó)史學(xué)者共72人出席了會(huì)議。會(huì)議收到論文60多篇，圍繞民國(guó)史研究的成就、發(fā)展趨勢(shì)和不足這一主題，從政治、中外關(guān)系、人物、經(jīng)濟(jì)、社會(huì)與思想文化等七個(gè)方面作了探討，并集結(jié)《中華民國(guó)史新論》(上下冊(cè))論文集]；陳紅民：《函電里的人際關(guān)系與政治——讀哈佛-燕京圖書館藏胡漢民往來(lái)函電稿》，北京：生活·讀書·新知三聯(lián)書店，2003年9月出版；楊金榮：《角色與命運(yùn)——晚年胡適的自由主義困境》，北京：生活·讀書·新知三聯(lián)書店，2003年9月出版； 

陳謙平：《抗戰(zhàn)前后之中英西藏交涉(1935-1947)》，北京：生活·讀書·新知三聯(lián)書店，2003年出版；邱格屏：《世外無(wú)桃源——東南亞華人秘密會(huì)黨》，北京：生活·讀書·新知三聯(lián)書店，2003年9月出版；陳仁霞著《中德日三角關(guān)系研究》，北京：生活·讀書·新知三聯(lián)書店，2003年1月出版；姜良芹：《南京國(guó)民政府內(nèi)債問題研究》，南京大學(xué)出版社，2003年9月出版；張生：《日偽關(guān)系研究：以華東地區(qū)為中心》，南京出版社，2003年12月出版；馬俊亞：《混合與發(fā)展——江南地區(qū)傳統(tǒng)社會(huì)經(jīng)濟(jì)的現(xiàn)代化歷程》，北京：社會(huì)科學(xué)文獻(xiàn)出版社，2003年12月出版。 

（4）2004年 

任桐：《徘徊于民本與民主之間—— <大公報(bào)>與中國(guó)政治改良思潮》，北京：生活·讀書·新知三聯(lián)書店，2004年5月出版；曹大臣、朱慶葆主編《刺刀下的毒禍——日本侵華期間的鴉片毒化活動(dòng)》，福州：福建人民出版社，2004年出版；張生主編：《中國(guó)通史教程(現(xiàn)代卷)》（第三版），山東大學(xué)出版社，2004年出版。 

（5）2005年 

張憲文主編：《南京大屠殺史料集》（1-8卷），南京：江蘇人民出版社，2005年7月底全部完成出版；張憲文、曹大臣：《圖說(shuō)中國(guó)抗日戰(zhàn)爭(zhēng)史》，上海學(xué)林出版社，2005年8月出版；馬俊亞譯：《腹地的構(gòu)建——華北內(nèi)地的國(guó)家、社會(huì)和經(jīng)濟(jì)》(彭慕蘭著)，北京：社會(huì)科學(xué)文獻(xiàn)出版社，2005年8月出版；張憲文主編：《南京大屠殺史料集》(9-28卷)，江蘇人民出版社、鳳凰出版社（南京），2005年12月底全部完成出版；張生：《佛門避難記》，南京師范大學(xué)出版社，2005年7月出版；張憲文、申曉云主編：《民國(guó)南京學(xué)術(shù)人物傳》，南京大學(xué)出版社，2005年出版；張憲文主編：《<民國(guó)史研究>專輯》，南京大學(xué)出版社，2005年出版。 

（6）2006年 

張憲文主編：《中華民國(guó)史》(四卷本)，南京大學(xué)出版社，2006年1月出版；朱慶葆：《鄒容 陳天華評(píng)傳》，南京大學(xué)出版社，2006年8月出版。 

（7）2007年 

任銀睦：《青島早期城市現(xiàn)代化研究》，北京：生活·讀書·新知三聯(lián)書店，2007年9月出版； 

（8）2009年 

陳蘊(yùn)茜：《崇拜與記憶——孫中山符號(hào)的建構(gòu)與傳播》，南京大學(xué)出版社，2009年8月出版；李玉、陳志武主編：《制度尋蹤(公司制度卷)》，上海財(cái)經(jīng)大學(xué)出版社，2009年8月出版；申曉云：《申曉云文集》，韓國(guó)首爾：新星出版社，2009年5月出版；李恭忠：《中山陵：一個(gè)現(xiàn)代政治符號(hào)的誕生》，北京：社會(huì)科學(xué)文獻(xiàn)出版社，2009年1月出版；曹大臣：《近代日本在華領(lǐng)事制度》，北京：社會(huì)科學(xué)文獻(xiàn)出版社，2009年9月出版。 

（9）2010年 

張憲文、方慶秋：《蔣介石全傳》（上下），北京：人民出版社，2010年12月出版；崔之清主編：《張謇與海門》，南京大學(xué)出版社， 2010年12月出版。